Die Kristallschädel erwecken die Frage, warum so viel Arbeit und Zeit in die Perfektionierung eines menschlichen Schädels aus einem der härtesten Stoffe, dem Bergkristall, investiert werden sollte. Einige sind kristallklar, andere rauchig oder farbig, und die meisten haben tatsächlich menschliche Größe.
Manche Archäologen halten sie für Relikte von der legendären Insel Atlantis oder für den Beweis, dass Außerirdische die Azteken besucht haben.