Bisher konnten die Bewohner von Atlantis die Umgebung der Stadt noch nicht nach Sturmschäden überprüfen. Nun macht sich Dr. McKay mit einigen Kollegen auf den Weg. Doch plötzlich sterben zwei seiner Männer. Dr. Elizabeth Weir vermutet sofort einen Zusammenhang mit dem von McKay entdeckten, mysteriösen Labor der Antiker außerhalb von Atlantis.
Offenbar sind die Toten dort mit einem rätselhaften Virus infiziert worden.