Major Sheppard konnte der feindlichen Übernahme von Atlantis durch die Genii gerade noch entkommen. Dagegen sind Dr. Elizabeth Weir und Dr. McKay in der Hand von Kommandant Kolya . Bisher sind die beiden Mitglieder der Stargate-Crew nur noch am Leben, weil Kolya auf deren Hilfe bei der Aktivierung des Schutzschildes zur Verteidigung der Stadt gegen den Sturm angewiesen ist.
Unterdessen versuchen Dr. Beckett , Lieutenant Ford und Teyla das Auge des Tornados zu erreichen.