Die Replikatoren greifen Atlantis an. Kein einziger der Antiker überlebt. General O‘Neill und Richard Woolsay konnten sich in einem verlassenen Bereich der Stadt verstecken. Colonel Sheppard schmiedet unterdessen von der Erde aus Pläne, wie er O‘Neill und Woolsay in Sicherheit bringen kann. Die Zeit drängt denn General Landry plant unterdessen, ganz Atlantis durch eine Atombombe zu zerstören.