In Atlantis schalten sich plötzlich sämtliche Systeme ab. Alle Bewohner werden dort eingeschlossen, wo sie sich gerade befinden. Offenbar sind Dr. McKays Arbeiten an dem Quarantäne-System Schuld an dem technischen Ausfall. Doch McKay ist ebenfalls gefangen und kann nichts unternehmen, um seine Kollegen zu befreien.