In Boston wird ein Bahnpolizist mit schrecklichen Verstümmelungen in einem U-Bahnabteil aufgefunden. Zusammen mit einer kleinen Gruppe von Spezialisten ermittelt Agent Doggett unter der Erde, während Dana Scully den Einsatz von der Verkehrsleitzentrale aus überwacht. Kurz darauf weist einer der Männer die gleichen Verätzungen auf, die an dem Toten festgestellt wurden.
Als Doggett in einem stillgelegten Tunnel drei weitere Leichen findet, eskaliert die Situation.